通常采用琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶作为电泳介质。这些凝胶具有网状结构，可以形成一种分子筛，通过筛网作用实现DNA分子的分离。在电泳槽中建立恒定的电场，使DNA分子带负电荷向正极移动。电场的作用下，DNA分子在凝胶中进行迁移。由于DNA分子的不同大小和不同电荷，迁移速度也会有所不同。较小的DNA片段迁移速度较快，而较大的DNA片段迁移速度较慢。